Nejstarší dochovaná písemná zmínka o farnosti je z roku 1333.
Patronátní právo nad kostelem – spojené s pravomocí dosadit kněze na místo faráře – drželi až do roku 1516 vladykové ze Senice. Později převzala patronát spolu s povinností pečovat o dobrý stav kostela olomoucká kapitula.
Farnost byla od nejstarších dob vždy katolická.
Do 18. století byla Senice součástí olomouckého děkanátu. Potom přešla do nedávno zrušeného děkanátu Litovel. Seničtí faráři zde byli často děkany a mívali k ruce jednoho až dva kaplany. Od roku 2004 je farnost přičleněna k děkanátu Konice a jen velmi pomalu si na tuto radikální změnu zvyká.
Mezi obce farnosti zřejmě vždy patřily tři vesnice: Senice na Hané, Senička a Loučany. Posledně jmenovaná obec si s platností od 1. listopadu 1940 vymohla přifaření k sousední Náměšti. Při slavnostním rozloučení hovořil v kázání vld. pan farář Závrbský o dějinách staletého rodinného soužití duchovního a o významu nynějšího rozdělení: filiální obec loučanská odchází jako dospělá dcera (lat. filia) ze starého domova do domova nového. Po mši svaté pak prý ještě věřící z Loučan společně navštívili hroby svých blízkých na senickém hřbitově.
Díky svému kostelu se obec Senice na Hané dostala na nejstarší mapu Moravy z r. 1575 a později také na mapu Jana Amose Komenského z r. 1624.
Do roku 1851 odváděli místní farníci podle velikosti gruntů faře desátky v naturální podobě (ječmen, žito, oves, slepice, vejce, máslo atd.). V následujících letech byly tyto dávky vypláceny formou peněžité náhrady.
V devatenáctém století existovala v Senici fungující farní charita. Dále zde byly dvě pobočky církevního chudobínského ústavu (Senice, Senička) a několik nadací spravujících darované polnosti pro potřeby chudých, zejména dětí a starých lidí.
K velkým událostem v životě farnosti patřily slavnostní biskupské vizitace. První z nich máme doloženou z roku 1858. V roce 1903 navštívil Senici arcibiskup ThDr. Theodor Kohn a o 34 let později olomoucký pomocný biskup Jan Stavěl (1937). Pokaždé bylo součástí vizitace také biřmování farníků.
Současná podoba farního kostela pochází z r. 1705. Nedávná oslava výročí 300 let jeho existence (2005) dala Obecnímu úřadu podnět k vydání publikace o dějinách této vzácné sakrální památky. Tehdejší starostka, Ing. Eliška Dostálová, v úvodu praví: „Oslavme výročí kostela, oslavme svátek sv. Maří Magdalény, skloňme se v úctě před odvahou a úsilím našich předků, když po všech katastrofách, po požáru, znovu postavili ještě krásnější chrám. Vystoupejme po schodech věže kostela naší Maří Magdalény, rozhlédněme se po rodném kraji a vzdejme chválu Bohu za krásu, kterou vidíme, kterou žijeme, za Boží pomoc.“
Slavnost svěcení nového kostela se konala 21. října 1860. Bohoslužbu sloužil biskup Rudolf Thyseberth z Olomouce za účasti velkého zástupu věřících. Záznam v kronice připomíná, že chrám byl po dlouhých letech úprav čistě vybílen a krásně ozdoben a k slavnosti se sjeli i duchovní z okolí.
Za pozornost stojí také pověst o paní Elišce, dceři Smila z Kunštátu, provdané v roce 1464 za Hynka ze Sovince, které patřila i část Senice. Když ovdověla, usadila se na tvrzi Lysově nedaleko Seničky směrem k Cakovu. Každou neděli odtud jezdila lysovským údolím na „hrubou“ mši do kostela v Senici. Tato „Eliščina stezka“ prý podle pověsti nikdy nezarostla travou.